1859年(咸丰九年)49岁 1月，李鸿章来建昌进谒、留营襄办军务。是月，曾国葆改名贞干，入湘军，为其兄国华报仇。2月，作《圣哲画像记》。11月，拟四路进兵之策，攻取安庆。

曾国藩简介1860年(咸丰十年)50岁 5月，辑录《经史百家杂钞》26卷，“取精用宏”，“尽抡四部精要”。6月，左宗棠来营，留住两旬，商讨东南大局;奉命以兵部尚书衔署理两江总督。7月，委授两江总都，并以钦差大臣督办江南军务。10月18日与胡林翼、李续宾商筹北援之策。上疏请求带兵北上扫夷勤王、以“雪敷天之愤”。12月，祁门大营两度被困，太平军距大营仅20里，“危险万状”。

1861年(咸丰十一年)51岁 8月23日，是《复陈购买外洋船炮折》：“购买外洋船炮，则为今日救时之第一要务。”9月5日，湘军攻陷安庆。25日，移住安庆。11月20日，奉旨督办四省(苏、皖、浙、赣)军务，其巡抚、提镇以下悉归节制。12月，在安庆创办内军械所。年底，定三路军进军之策：“以围攻金陵属之国荃，而以浙事属左宗棠，苏事属李鸿章，于是东南肃清之局定矣。

1862年(同治元年)52岁 1月31日，奉旨任两江总督协办大学士，曾国荃补授浙江按察使。2月14日，左宗棠率军由江西入浙江。4月，李鸿章率军抵上海。5月，曾国荃率军进驻雨花台，会同彭玉麟的水师围攻天京。7月18日，为借兵助剿事再疏力陈利害：“岛人借助剿为图利之计......而中华之难，中华当之”，决不能让洋人以助剿来“蹂躏中国之土地”。9月，为死于战乱而未及安葬的桐城儒生方东树、戴钧衡6人立石修墓，妥为安葬。12月，其弟曾国葆病死于雨花台湘军大营。年底，华衡芳与徐寿父子试制成中国第一台蒸汽机，曾国藩见后，于当天日记中写道：“窃喜洋人之智巧我国亦能为之，彼不能傲我以其所不知矣!”